1. Fino al 31 dicembre 2009 il procedimento rivolto al rilascio dell'autorizzazione paesaggistica è disciplinato secondo il regime transitorio di cui al presente articolo. La disciplina dettata al capo IV si applica anche ai procedimenti di rilascio dell'autorizzazione paesaggistica che alla data del 31 dicembre 2009 non si siano ancora conclusi con l'emanazione della relativa autorizzazione o approvazione. Entro tale data le regioni provvedono a verificare la sussistenza, nei soggetti delegati all'esercizio della funzione autorizzatoria in materia di paesaggio, dei requisiti di organizzazione e di competenza tecnico-scientifica stabiliti dall'articolo 146, comma 6, apportando le eventuali necessarie modificazioni all'assetto della funzione delegata. Il mancato adempimento, da parte delle regioni, di quanto prescritto al precedente periodo determina la decadenza delle deleghe in essere alla data del 31 dicembre 2009.
2. L'amministrazione competente al rilascio dell'autorizzazione dà immediata comunicazione alla soprintendenza delle autorizzazioni rilasciate, trasmettendo la documentazione prodotta dall'interessato nonché le risultanze degli accertamenti eventualmente esperiti. La comunicazione è inviata contestualmente agli interessati, per i quali costituisce avviso di inizio di procedimento, ai sensi e per gli effetti della legge 7 agosto 1990, n. 241. Nella comunicazione alla soprintendenza l'Autorità competente al rilascio dell'autorizzazione attesta di avere eseguito il contestuale invio agli interessati. L'autorizzazione è rilasciata o negata entro il termine perentorio di sessanta giorni dalla relativa richiesta e costituisce comunque atto autonomo e presupposto della concessione edilizia o degli altri titoli legittimanti l'intervento edilizio. I lavori non possono essere iniziati in difetto di essa. In caso di richiesta di integrazione documentale o di accertamenti il termine è sospeso per una sola volta fino alla data di ricezione della documentazione richiesta ovvero fino alla data di effettuazione degli accertamenti.
3. La soprintendenza, se ritiene l'autorizzazione non conforme alle prescrizioni di tutela del paesaggio, dettate ai sensi del presente titolo, può annullarla, con provvedimento motivato, entro i sessanta giorni successivi alla ricezione della relativa, completa documentazione. Si applicano le disposizioni di cui all'articolo 6, comma 6-bis, del regolamento di cui al decreto del Ministro per i beni culturali e ambientali 13 giugno 1994, n. 495.
4. Decorso il termine di sessanta giorni dalla richiesta di autorizzazione è data facoltà agli interessati di richiedere l'autorizzazione stessa alla soprintendenza, che si pronuncia entro il termine di sessanta giorni dalla data di ricevimento. La richiesta, corredata dalla documentazione prescritta, è presentata alla soprintendenza e ne è data comunicazione alla amministrazione competente. In caso di richiesta di integrazione documentale o di accertamenti, il termine è sospeso per una sola volta fino alla data di ricezione della documentazione richiesta ovvero fino alla data di effettuazione degli accertamenti.
5. Si applicano le disposizioni di cui all'articolo 146, commi 1, 2 e 4.
6. I procedimenti di conformazione ed adeguamento degli strumenti urbanistici alle previsioni della pianificazione paesaggistica redatta a termini dell'articolo 143 o adeguata a termini dell'articolo 156, che alla data del 1° giugno 2008 non si siano ancora conclusi, sono regolati ai sensi dell'articolo 145, commi 3, 4 e 5.
7. Per i beni che alla data del 1° giugno 2008 siano oggetto di provvedimenti adottati ai sensi dell'articolo 1-quinquies del decreto-legge 27 giugno 1985, n. 312, convertito, con modificazioni, dalla legge 8 agosto 1985, n. 431, e pubblicati nella Gazzetta Ufficiale in data anteriore al 6 settembre 1985, l'autorizzazione può essere concessa solo dopo l'adozione dei provvedimenti integrativi di cui all'articolo 141 bis.
8. Sono fatti salvi gli atti, anche endoprocedimentali, ed i provvedimenti adottati dalla data di entrata in vigore del decreto legislativo 26 marzo 2008, n. 63, fino alla data di entrata in vigore della presente disposizione, in applicazione dell'articolo 159 del presente codice, nel testo vigente anteriormente alla data di entrata in vigore del decreto legislativo 26 marzo 2008, n. 63.
9. Nei confronti delle autorizzazioni paesaggistiche adottate dopo la data di entrata in vigore del decreto legislativo 26 marzo 2008, n. 63, e prima della data di entrata in vigore della presente disposizione, la soprintendenza, qualora non abbia già esercitato il potere di annullamento, può esercitare detto potere, ai sensi dei precedenti commi 2 e 3, entro i trenta giorni decorrenti dalla data di entrata in vigore della presente disposizione; qualora l'autorizzazione, corredata dalla relativa documentazione, sia stata rinviata dalla soprintendenza all'Autorità competente al rilascio dell'autorizzazione ai fini dell'applicazione dell'articolo 146, il predetto termine decorre dalla data in cui viene nuovamente trasmessa alla soprintendenza.